ยาสมุนไพรเป็นส่วนประกอบที่ได้มาจากพืช สัตว์ หรือแร่ธาตุ ตัวยาที่มีอยู่ในพืชสมุนไพรจะมากหรือน้อยนั้น ขึ้นอยู่กับปัจจัยหลายอย่าง แต่ที่สำคัญก็คือ "ช่วงเวลาที่เก็บยาสมุนไพร"  การเก็บในช่วงเวลาที่เหมาะสมจะมีผลต่อฤทธิ์การรักษาโรคของยาสมุนไพรได้ นอกจากคำนึงถึงช่วงเวลาในการเก็บยาเป็นสำคัญแล้ว ยังต้องคำนึงถึงว่าเก็บยาถูกต้องหรือไม่ ส่วนไหนของพืชที่ใช้เป็นยา เป็นต้น พื้นดินที่ปลูก อากาศ การเลือกเก็บส่วนที่ใช้เป็นยาอย่างถูกวิธีนั้น จะมีผลอย่างมากต่อประสิทธิภาพของยาที่จะนำมารักษาโรค หากปัจจัยดังกล่าวเปลี่ยนไป ปริมาณตัวยาที่มีอยู่ในสมุนไพรก็จะเปลี่ยนตามไปด้วย ทำให้ยานั้นไม่เกิดผลในการักษาโรคได้
          หลักทั่วไปในการเก็บส่วนที่ใช้เป็นยาสมุนไพร แบ่งโดยส่วนที่ใช้เป็นยาดังนี้

1. ประเภทรากหรือหัว  เก็บในช่วงที่พืชหยุดเจริญเติบโต ใบ ดอก ร่วงหมด หรือในช่วงต้นฤดูหนาวถึงปลายฤดูร้อน เพราะเหตุว่าในช่วงนี้ รากและหัวมีการสะสมปริมาณของตัวยาไว้ค่อนข้างสูง

2. ประเภทใบหรือเก็บทั้งต้น  ควรเก็บในช่วงที่พืชเจริญเติบโตมากที่สุด หรือบางชนิดอาจระบุช่วงเวลาการเก็บชัดเจน เช่น เก็บใบไม้อ่อนหรือไม่แก่เกินไป (ใบเพสลาด) เก็บช่วงดอกตูมเริ่มบาน หรือช่วงที่ดอกบาน เป็นต้น การกำหนดช่วงเวลาที่เก็บใบ เพราะช่วงเวลานั้น ในใบมีตัวยามากที่สุด วีธีการเก็บใช้วิธีเด็ด ตัวอย่างเช่น กระเพรา ขลู่ ฝรั่ง ฟ้าทะลายโจร เป็นต้น

3. ประเภทเปลือกต้นและเปลือกราก  เปลือกต้นโดยมากเก็บระหว่างช่วงฤดูร้อนต่อกับฤดูฝน ปริมาณยาในพืชสูงและลอกออกง่าย สำหรับการลอกเปลือกต้นนั้น อย่าลอกเปลือกออกทั้งรอบต้น เพราะกระทบกระเทือนในการส่งลำเลียงอาหารของพืช อาจทำให้ตายได้ ทางที่ดีควรลอกจากส่วนกิ่งหรือแขนงย่อย ไม่ควรลอกจากลำต้นใหญ่ของต้นไม้ หรือจะใช้วิธีลอกออกในลักษณะครึ่งวงกลมก็ได้ ส่วนเปลือกราก เก็บในช่วงต้นฤดูฝนเหมาะที่สุด เนื่องจากการลอกเปลือกต้นหรือเปลือกรากเป็นผลเสียต่อการเจริญเติบโตของพืช ควรสนใจวิธีการเก็บที่เหมาะสม

4. ประเภทดอก  โดยทั่วไปเก็บในช่วงดอกเริ่มบาน แต่บางชนิดเก็บในช่วงดอกตูม เช่น กานพลู เป็นต้น

5. ประเภทผลและเมล็ด  พืชสมุนไพรบางอย่างอาจเก็บในช่วงที่ผลยังไม่สุกก็มี เช่น ฝรั่ง เก็บผลอ่อน ใช้แก้ท้องร่วง แต่โดยทั่วไปมักเก็บตอนผลแก่เต็มที่แล้ว ตัวอย่างเช่น มะแว้งต้น มะแว้งเครือ ดีปลี เมล็ดฟักทอง เมล็ดชุมเห็ดไทย เมล็ดสะแก เป็นต้น

          นอกจากที่กล่าวมาแล้ว ตามการถ่ายทอดประสบการณ์ของแพทย์ไทยโบราณนั้น ยังมีการเก็บยาตามฤดูกาล วัน โมงยาม และทิศอีกด้วย เช่น ใบควรเก็บในตอนเช้าวันอังคาร ฤดูฝนทางทิศตะวันออก เป็นต้น อย่างไรก็ตามในที่นี้ขอแนะนำให้ใช้หลักการเก็บส่วนที่ใช้เป็นยาสมุนไพรข้างต้น นอกจากนี้ท่านผู้ศึกษาการเก็บและการใช้สมุนไพร สามารถเรียนรู้ได้จากหมอพื้นบ้านที่อยู่ในหมู่บ้าน ซึ่งมีประสบการณ์เก็บยาและการใช้ยามาเป็นเวลาช้านาน
          วิธีการเก็บสมุนไพรที่ถูกต้องเหมาะสมนั้น โดยทั่วไปไม่มีอะไรสลับซับซ้อน ประเภทใบ ดอก ผล ใช้วิธีเด็ดแบบธรรมดา ส่วนแบบราก หัว หรือเก็บทั้งต้น ใช้วิธีขุดอย่างระมัดระวัง เพื่อประกันให้ได้ส่วนที่เป็นยามากที่สุด สำหรับเปลือกต้นหรือเปลือกราก เนื่องจากเกี่ยวข้องกับการดำรงชีวิตของต้นพืช ดังนั้นจึงควรสนใจวิธีการเก็บดังที่กล่าวมาแล้วข้างต้น
          คุณภาพของยาสมุนไพรจะใช้รักษาโรคได้ดีหรือไม่นั้น ที่สำคัญอยู่ที่ช่วงเวลาการเก็บสมุนไพร และวิธีการเก็บ แต่ยังมีปัจจัยอื่นๆ ที่ยังต้องคำนึงถึงอีกอย่างคือ พื้นที่ปลูก เช่น ลำโพง ควรปลูกในพื้นดินที่เป็นด่าง ปริมาณของตัวยาจะสูง สะระแหน่หากปลูกในที่ดินทราย ปริมาณน้ำมันหอมระเหยจะสูง และยังมีปัญหาทางด้านสภาพแวดล้อมในการเจริญเติบโต ภูมิอากาศ เป็นต้น ต่างก็มีผลต่อคุณภาพสมุนไพรทั้งนั้น ดังนั้นเราควรพิจารณาหาข้อมูลอย่างละเอียดถี่ถ้วน ก่อนที่จะเก็บยาสมุนไพรมาใช้ในการรักษาโรค