เพื่อให้การอนุรักษ์พันธุกรรมพืชบรรลุวัตถุประสงค์ดังกล่าว จึงได้กำหนด เป้าหมายไว้ดังนี้

1. สร้างจิตสำนึกให้กับเยาวชน เกษตรกร ประชาชน และหน่วยงานต่าง ๆ ในพื้นที่กรุงเทพมหานคร ได้มีความรู้ความเข้าใจและตระหนักถึงความสำคัญของทรัพยากรธรรมชาติ พันธุกรรมพืชเกิดความรู้สึกหวงแหนและร่วมกันปกปักรักษาไว้ใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืน
2. จัดทำระบบฐานข้อมูลพันธุกรรมพืชและจัดตั้งศูนย์ข้อมูลพันธุกรรมพืช พันธุ์ไม้โบราณและพันธุ์ไม้ที่มีชื่อเสียงของกรุงเทพมหานคร เพื่อเป็นแหล่งศึกษาค้นคว้าข้อมูลแก่เยาวชน ประชาชนผู้สนใจ
3. สร้างสวนพฤกษศาสตร์เป็นสถานที่รวบรวมพันธุ์พืชปกปักรักษาพันธุ์ไม้และเป็นแหล่งตัวอย่างพันธุ์พืชเพื่อศึกษาค้นคว้า เพื่อน้อมเกล้าฯถวาย สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี เนื่องในวโรกาสทรงเจริญพระชนมายุครบ 50 พรรษา ในปี พ.ศ. 2548
4. อนุรักษ์พันธุ์ไม้โบราณของท้องถิ่นที่หายากใกล้สูญพันธุ์และพันธุ์ไม้ที่มีชื่อเสียงของกรุงเทพมหานคร รวมถึงการเพาะปลูกขยายพันธุ์พืชดังกล่าวใน สวนพฤกษศาสตร์ สวนสาธารณะ พื้นที่ว่างของหน่วยงานของรัฐและเอกชนที่ได้รับอนุญาตหรือพื้นที่ที่มีการน้อมเกล้าฯถวาย เพื่อเข้าร่วมสนองพระราชดำริ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีในโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริ