การอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ ในแผนแม่บทของกรุงเทพมหานคร ได้กำหนด วัตถุประสงค์ ไว้ดังนี้

1. เพื่อสนองพระราชดำริโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ
2. เพื่อเทอดพระเกียรติสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี  เนื่องในวโรกาสทรงเจริญพระชนมายุครบ 50 พรรษา ในปี  พ.ศ. 2548
3. เพื่อการอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติพันธุ์ไม้โบราณและพันธุ์ไม้ที่มีชื่อเสียงของ กรุงเทพมหานคร รวมทั้งการขยายพันธุ์พืชให้คงอยู่สืบไป
4. เพื่อเป็นแหล่งให้เยาวชน ประชาชนผู้สนใจได้ศึกษาค้นคว้าพันธุกรรมพืชและใช้ประโยชน์ทางการศึกษาพันธุกรรมได้อย่างมีประสิทธิภาพ
5. เพื่อปลูกฝังให้เด็ก เยาวชนและประชาชนมีจิตสำนึกในการปกปักรักษาอนุรักษ์พันธุกรรมพืช ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม