การจัดจำแนกสายพันธุ์พืชในระดับโมเลกุล
          การแยกความแตกต่างของสายพันธุ์ โดยอาศัยลักษณะทางกายภาพหรือลักษณะทางสัณฐานวิทยาของพืชนั้น อาจมีอิทธิพลของสิ่งแวดล้อมเข้ามาเกี่ยวข้อง ในปัจจุบันได้มีการใช้เทคนิคต่างๆในการหาความแตกต่างของสิ่งมีชีวิต โดยอาศัยความแตกต่างในระดับยีนหรือดีเอ็นเอ ได้แก่ RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism) (Weber และ Helentjaris,1989) RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA) (Wies man, 1998) , STS(Sequence-Tagged Site) (Daniel และคณะ, 1998), AFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism DNA) (Vos และคณะ, 1995) และ ลายพิมพ์ดีเอ็นเอ (DNA Fingerprinting) (Nyborn และคณะ, 1990) เทคนิคเหล่านี้ทำให้เกิดความแตกต่างในระดับดีเอ็นเอซึ่งใช้ในการบ่งชี้และจัดจำแนกสิ่งมีชีวิตได้ ชิ้นดีเอ็นเอที่ถูกนำมาใช้เป็นตัวแทนหรือเครื่องหมายของลักษณะใดลักษณะหนึ่งที่เรียกว่า molecular marker ซึ่งหมายถึงการใช้ดีเอ็นเอเป็นเครื่องหมายในการตรวจและใช้ประโยชน์จากการเกิดความแตกต่างหรือ polymorphism ของลำดับดีเอ็นเอที่แสดงให้เห็นถึงการพัฒนาทางชีวโมเลกุล
 

กล้วยไม้ม้าวิ่ง Dorotis sp.	มะกอกโอลีฟ Olea eoropaea L.(olive)	มะตูม Algle marmelos (L.) Corr. (Bel Fruit)
หวาย Calamus spp.(Rattan)	ขนุน Artocapus heterophyllus Lamk.(Jack Fruit)	ดีเอ็นเอของพืชก่อนการจำแนก
ตัวอย่างลายพิมพ์ดีเอ็นเอ	ตัวอย่างลายพิมพ์ดีเอ็นเอ	ตัวอย่าง Phylogenetic Tree ของหวายจำนวน 39 ตัวอย่าง

การใช้ลายพิมพ์ DNA เพื่อจำแนกพันธุ์พืช
วัตถุประสงค์
1. เพื่อใช้โมเลกุลเครื่องหมาย (Molecular Marker) ในการจำแนกพันธุ์พืช
2. เพื่อให้เห็นความแตกต่างทางชีวโมเลกุลของพืช ซึ่งไม่สามารถแยกความแตกต่างได้โดยการมองด้วยสายตา
3. เพื่อใช้ในการปรับปรุงพันธุ์พืชในอนาคตได้ โดย
3.1 ช่วยในการตรวจสอบ Somaclonal Variation ในกรณีที่มีการขยายพันธุ์โดยการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อพืช
3.2 ช่วยในการตรวจสอบ linkage ระหว่าง DNA marker กับลักษณะที่เป็นประโยชน์ต่อพันธุ์พืช เช่น ต้านทานโรค แมลง ฯลฯ เพื่อช่วยในการคัดเลือกและหาตำแหน่งยีนบนโครโมโซม
3.3 ช่วยในการคัดเลือกสายพันธุ์ที่ต้องการได้เร็วยิ่งขึ้น โดยไม่ต้องรอออกดอกหรือผล
4. เพื่อใช้เป็นข้อมูลในการจดสิทธิบัตรรับรองพันธุ์พืช

การจำแนกสายพันธุ์พืชโดยใช้เทคนิค AFLP
 

วัตถุประสงค์
1.) เพื่อใช้โมเลกุลเครื่องหมาย (Molecular Marker) ในการจำแนกพันธุ์พืช
2.) เพื่อให้เห็นความแตกต่างทางชีวโมเลกุลของพืช ซึ่งไม่สามารถ แยกความแตกต่างได้โดยการมองด้วยสายตา
3.) เพื่อใช้ในการปรับปรุงพันธุ์พืชในอนาคตได้ โดย
3.1 ช่วยในการตรวจสอบ Somaclonal Variation ในกรณีที่มีการขยายพันธุ์โดยการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อพืช
3.2 ช่วยในการตรวจสอบ linkage ระหว่าง DNA marker กับลักษณะที่เป็นประโยชน์ต่อพันธุ์พืช เช่น ต้านทานโรค แมลง ฯลฯ เพื่อช่วยในการคัดเลือกและหาตำแหน่งยีนบนโครโมโซม
3.3.ช่วยในการคัดเลือกสายพันธุ์ที่ต้องการได้เร็วยิ่งขึ้น โดยไม่ต้องรอออกดอกหรือผล
4.) เพื่อใช้เป็นข้อมูลในการจดสิทธิบัตรรับรองพันธุ์พืช