มาตรฐานคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่ง แบ่งตามลักษณะการใช้ประโยชน์ 7 ประเภท ดังนี้

ประเภทที่ 1   เพื่อการสงวนรักษาธรรมชาติ (Environmental Preservation)
ประเภทที่ 2   เพื่อการอนุรักษ์แหล่งปะการัง (Coral Conservation)
ประเภทที่ 3  เพื่อการอนุรักษ์แหล่งธรรมชาติอื่นๆ (Conservation of Natural Life)
ประเภทที่ 4  เพื่อการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง (Aquaculture)
ประเภทที่ 5  เพื่อการว่ายน้ำ (Water Contact  Sport) Swimming
ประเภทที่ 6  เพื่อการกีฬาทางน้ำอื่นๆ (Water Proximity Sport) Vocation
ประเภทที่ 7  บริเวณแหล่งอุตสาหกรรม (Industrial Zone) Enterprise&Industries

จากมาตรฐานทั้ง 7 ประเภทข้างต้น พื้นที่บริเวณหนึ่งๆ อาจมีการใช้ประโยชน์ได้หลายกิจกรรม เช่น ชายฝั่งทะเลบริเวณหาดป่าตอง จ.ภูเก็ต ใช้ประโยชน์เพื่อการท่องเที่ยว ว่ายน้ำ นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ประโยชน์ในแง่ของการกีฬาทางน้ำอื่น และอนุรักษ์แหล่งปะการังด้วย แต่ทั้งนี้ การใช้มาตรฐานจะกำหนดตามกิจกรรมการใช้ประโยชน์ของแต่ละพื้นที่ชายฝั่ง

ประเภทที่ 1   เพื่อการสงวนรักษาธรรมชาติ (Environmental Preservation) หมายถึงบริเวณที่มีลักษณะทางกายภาพและชีวภาพที่ไม่เปลี่ยนแปลงไปจากธรรมชาติ เช่น อุทยานแห่งชาต โดยมีการใช้ประโยชน์ในแง่ของ

• การศึกษาวิจัย และ/หรือ การสาธิตทางด้านวิทยาศาสตร์ ประเภทที่ไม่ก่อให้เกิดการเปลี่ยแปลงสภาพแวดล้อม เช่น การสังเกตการณ์ การติดตามตรวจสอบ เป็นต้น
• กิจกรรมที่ใช้ประโยชน์จากทัศนียภาพ ความงามตามธรรมชาติ
• กิจกรรมที่เกี่ยวกับการจัดการ และการอนุรักษ์ ที่ไม่ก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงสภาพแวดล้อม

ประเภทที่ 2   เพื่อการอนุรักษ์แหล่งปะการัง (Coral Conservation) หมายถึงบริเวณที่มีแหล่งปะการังสมบูรณ์ หรือปะการังเสื่อมโทรม แต่มีแนวโน้มที่จะฟื้นคืนสภาพได้ เช่น แนวปะการังในบริเวณอุทยานแห่งชาติหมู่เกาะพีพี เกาะสิมิลัน เกาะช้าง เป็นต้น
โดยมีมาตรฐานคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่งประเภทที่ 2 เป็นตัวควบคุมคุณภาพน้ำทะเลให้มีความเหมาะสมที่จะใช้เป็นพื้นที่อนุรักษ์แหล่งปะการัง
          ค่ามาตรฐานคุณภาพทะเลชายฝั่งประเภทที่ 2 ที่สำคัญ ได้แก่

• อุณหภูมิน้ำ (water temperature) ไม่เกิน 33 องศาเซลเซียส

• ออกซิเจนละลายในน้ำ (dissolved oxygen : DO) ไม่น้อยกว่า 4 มิลลิกรัม/ลิตร

• ความโปร่งใส (tranparency) ต้องมีค่าเปลี่ยนแปลงจากธรรมชาติได้ไม่เกินร้อยละ 10

• ความเค็ม (salinity) ต้องมีค่าระหว่าง 29-35 ส่วนในพันส่วน

ประเภทที่ 3  เพื่อการอนุรักษ์แหล่งธรรมชาติอื่นๆ (Conservation of Natural Life) หมายถึงแหล่งอนุรักษ์ป่าชายเลน แหล่งอาศัย แหล่งเพาะพันธุ์และอนุบาลตัวอ่อนของสัตว์น้ำ เป็นต้น ซึ่งมีลักษณะทางกายภาพไม่เปลี่ยนไปจากธรรมชาติมากนัก โดยมีค่ามาตรฐานคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่งประเภทที่ 3 เป็นตัวควบคุมให้คุณภาพน้ำทะเลมีความเหมาะสมที่จะใช้เป็นพื้นที่อนุรักษ์แหล่งทรัพยากรธรรมชาติ
          ค่ามาตรฐานคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่งประเภทที่ 3 ที่สำคัญ ได้แก่

• ความเป็นกรดด่าง (pH) ต้องมีค่าระหว่าง 7.0-8.5

• ความเค็มของน้ำทะเล (salinity) ต้องมีค่าเปลี่ยนแปลงจากสภาพธรรมชาติได้ไม่เกินร้อยละ 10

• อุณหภูมิ (Temperature) ต้องไม่สูงกว่า 33 องศาเซลเซียส

• ออกซิเจนละลาย (Dissolved Oxygen) ต้องมีค่าไม่น้อยกว่า 4 มิลลิกรัม/ลิตร

• ความโปร่งใส (Transparency) ต้องมีค่าเปลี่ยนแปลงจากธรรมชาติได้ไม่เกินร้อยละ 10

ประเภทที่ 4  เพื่อการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่ง (Aquaculture) หมายถึงบริเวณที่มีการเพาะเลี้ยงสัตว์น้าชายฝั่งตามธรรมชาติ เช่น การเลี้ยงหอยแมลงภู่ หอยนางรม กุ้ง การเลี้ยงปลาในกระชัง เป็นต้น ซึ่งสถานที่เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งจะต้องมีลักษณะทางกายภาพที่เหมาะสม เช่น บริเวณปากแม่น้ำ หรือบริเวณที่เป็นน้ำกร่อย เป็นแหล่งที่มีสารอาหารอุดมสมบูรณ์ โดยมีมาตรฐานคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่ง ประเภทที่ 4 เป็นตัวควบคุมให้คุณภาพน้ำทะเลเหมาะสมสำหรับการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ
          ค่ามาตรฐานคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่ง ประเภที่ 4 ที่สำคัญ

• สีและกลิ่นของน้ำต้องไม่เป็นที่น่ารังเกียจ

• ความเป็นกรดและด่าง (pH) ต้องมีค่าระหว่าง 7.0-8.5

• ความเค็มของน้ำ (Salinity) ต้องมีค่าเปลี่ยนแปลงจากสภาพธรรมชาติไม่เกินร้อยละ 10

• ค่ารวมของแบคทีเรียชนิดโคลิฟอร์ม (Total Coliform Bacteria : TCB) ในน้ำต้องมีค่าไม่เกิน 1,000 เอ็มพีเอ็นต่อ 100 มิลลิลิตร

• ออกซิเจนละลาย (Dissolved Oxygen) ต้องมีค่าไม่น้อยกว่า 4 มิลลิกรัมต่อลิตร

 ประเภทที่ 5  เพื่อการว่ายน้ำ (Water Contact  Sport)  หมายถึงบริเวณที่คนนิยมไปว่ายน้ำ และท่องเที่ยวทางทะเล ซึ่งสถานที่เหล่านี้จะต้องมีลักษณะทางกายภาพที่สวยงาม มีหาดทราย น้ำทะเลใสสะอาด ปราศจากการปนเปื้อนจากมลพิษทางน้ำ โดยใช้มาตรฐานคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่งประเภทที่ 5 เป็นตัวควบคุมคุณภาพน้ำทะเลให้เหมาะสมกับกิจกรรมการว่ายน้ำ
          ค่ามาตรฐานคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่งประเภทที่ 5 ที่สำคัญ

• ต้องไม่มีวัตถที่น่ารังเกียจลอยอยู่บนผิวน้ำ

• ต้องไม่มีน้ำมันหรือไขมันที่สามารถมองเห็นได้ด้วยตาเปล่าลอยอยู่บนผิวน้ำ

• ความโปร่งใส (Tranparency) ต้องมีค่าเปลี่ยนแปลงจากสภาพธรรมชาติไม่เกินร้อยละ 10

• สีและกลิ่นของน้ำ ต้องไม่เป็นที่น่ารังเกียจ

• ค่ารวมของแบคทีเรียชนิดโคลิฟอร์ม (Total Coliform Bacteria : TCB) ในน้ำ ต้องมีค่าไม่เกิน 1,000 เอ็มพีเอ็นต่อ 100 มิลลิลิตร

ประเภทที่ 6  เพื่อการกีฬาทางน้ำอื่นๆ (Water Proximity Sport)  หมายถึงบริเวณที่มีลักษณะทางธรรมชติเอื้ออำนวยต่อการใช้ประโยชน์ทางด้านการกีฬาทางน้ำ เช่น  การเล่นเรือใบ หรือ สกีน้ำ เป็นต้น
ค่ามาตรฐานคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่ง ประเภทที่ 6 ที่สำคัญ

• ต้องไม่มีวัตถุที่น่ารังเกียจลอยอยู่บนผิวน้ำ

• ต้องไม่มีน้ำมันหรือไขมันที่สามารถมองเห็นได้ด้วยตาเปล่า

• สีและกลิ่นของน้ำ ต้องไม่เป็นที่น่ารังเกียจ

ประเภทที่ 7  บริเวณแหล่งอุตสาหกรรม (Industrial Zone)  เป็นบริเวณรองรับน้ำทิ้งจากแหล่งอุตสาหกรรมโดยที่คุณภาพน้ำบริเวณนี้ต้องไม่ต่ำกว่าค่ามาตรฐานที่กำหนดไว้ เป็นบริเวณที่มีความเหมาะสมในแง่ของการลงทุน เพื่อจัดทำเป็นแหล่งอุตสาหกรรมประเภทต่างๆ เช่น นิคมอุตสาหกรรม เป็นต้น
ค่ามาตรฐานคุณภาพน้ำทะเลชายฝั่ง ประเภทที่ 7 ที่สำคัญ

• ต้องไม่มีวัตถุที่น่ารังเกียจลอยอยู่บนผิวน้ำ

• ต้องไม่มีน้ำมันหรือไขมันที่สามารถมองเห็นได้ด้วยตาเปล่าลอยอยู่บนผิวน้ำ

• สีและกลิ่นของน้ำ ต้องไม่เป็นที่น่ารังเกียจ

• ค่ารวมของปรอท (Total Mercury) ในน้ำต้องมีค่าไม่เกิน 0.0001 มิลลิกรรมต่อลิตร

• แคดเมียม (Cadmium) ในน้ำ ต้องมีค่าไม่เกิน 0.005 มิลลิกรัมต่อลิตร

• โครเมียม (Chromium) , เหล็ก (Iron) , ทองแดง (Copper), สังกะสี (Zinc) จะกำหนดตามความจำเป็น
  
  กรมอุทกศาสตร์ กองทัพเรือ โดยกองสมุทรศาสตร์ เป็นหนึ่งในคณะกรรมการดำเนินงาน อพ.สธ. โดยรับหน้าที่สำรวจข้อมูลสมุทรศาสตร์และคุณภาพน้ำทะเลรอบเกาะแสมสารและและเกาะใกล้เคียง ประกอบด้วย 15 สถานี บริเวณรอบเกาะแสมสาร เกาะแรด เกาะฉางเกลือ เกาะขาม และเกาะปลาหมึก ตั้งแต่เดือนกรกฏาคม 2541-กันยายน 2542 ข้อมูลที่ได้เป็นข้อมูลสมุทรศาสตร์ สมุทรศาสตร์เคมี และสมุทรศาสตร์ชีวะ ซึ่งเป็นข้อมูลพื้นฐานในการศึกษาระบบนิเวศวิทยา ธรณีวิทยา ชีววิทยา โดยใช้เรือหลวงศุกร์ในการเก็บข้อมูล